有這樣一個故事：在我們居住的太陽系，大約每300萬年就會出現一次漂流的黑色物質穿過的未知空間，這是一個無論發生什么都不會讓人驚訝的世界。在黑色物質的作用下，地球上出現了各種各樣的怪獸，有些是因為黑色物質失去家園來到地球的外星人，有些是因為黑色物質催化變成怪獸的地球生物，還有沉睡了300萬年因黑色物質影響而蘇醒的怪獸……隸屬于行政情報局的危機管理團隊“高科技地球警衛和救援組織”（簡稱HEART，“哈特隊”）就是處理這些特殊事件的組織。

《奈歐斯奧特曼》是日本圓谷公司制作的幻想特攝系列的電視劇《奧特曼》中的一部，該作品在1995年曾制作過先行電影版，后于2000年重新制作成12集電視劇——上述故事，就是這12集的內容。

奧特曼本體身形高大，平時無法以原來的模樣生活在地球上，就以光的形式把能量儲藏在變身器中，需要時由特定的人間體啟動，變身為巨人進行戰斗。奈歐斯奧特曼的人間體神樂元氣（下稱神樂）就是哈特隊隊員之一。神樂在一次執行任務時遇到危險，差點失去生命，在危急關頭被奧特曼所救，勇敢熱心的神樂被選中作為奧特曼的人間體。在第一次變身并打倒了怪獸之后，神樂告訴哈特隊隊員們，這位巨人英雄叫“奈歐斯奧特曼”，是可以帶來奇跡的“新世紀英雄”。奧特曼的名字與作品制作年份相呼應，再加上哈特隊成員可愛輕松的日常，使故事顯得朝氣蓬勃。

在這次“黑色物質”洪流下的一系列事件中，不只有經典的“奧特曼打怪獸”，更有地球人與怪獸一起抵御黑色物質影響的場面，團結和友愛不只是小范圍地存在于人類之間或人類與奧特曼之間，而變成了面對無法抵御的災難時所有宇宙生命的大團結。失去家園的外星人來到地球，建起基地收集能量，試圖讓自己進化，從而達到重建家園的目的。神樂知道這一目的后便進行勸說，希望他們留在地球與人類和平共處。但對方執意想要進化，不料計劃失敗成為怪獸，神樂為了保護地球只能變身奧特曼，與哈特隊一起打敗怪獸。外星人的殘余力量乘飛行器離開地球，哈特隊乘勝追擊時被奈歐斯勸阻，隊長理解了奈歐斯的立場，中止了戰斗。

這段小故事只是《奈歐斯奧特曼》其中的一集，卻濃縮了“奈歐斯”的奧特精神：即“宇宙大家庭”概念，以及生命間的互相尊重。怪獸在進化開始之前就叮囑神樂，倘若計劃失敗，就請他變身奧特曼保護人類。由于這次戰斗原本就在狀況之外，而且不管是地球人還是外星人，都有對家鄉熾熱的愛，彼此之間才更容易理解。

哈特隊加上隊長僅有6個人，分別是不同領域的精英，在短短12集的劇情里，非常豐滿地表現了善惡觀——既批判了人性的丑陋，也贊揚并宣傳了愛、勇氣與希望。隊長與隊員之間平日里更像是一家人，事件結束后大家會吵鬧著要隊長請客吃壽司；工作后的總結不像是開會，更像是在喝下午茶時的討論。隊員們的相處非常輕松融洽，互相照顧、互相包容，意見不一致時的拌嘴和玩笑時的打鬧……所有這些，都使他們超越了同事關系，更像親人。

家庭溫馨是這部奧特曼的主要基調，但這并不影響隊長在危險來臨時做出英明決策，也不妨礙隊員們在戰斗中的機智發揮和完美配合。這樣的一支隊伍，即使在黑暗中也能給予人們“光明就在前方”的信念，無論遇到什么困難都會無往不勝。