作為明末清初的文壇領袖，錢謙益詩文學問成就可謂是傲視明清兩代，其“通經(jīng)汲古”的虞山之學對后世的影響尤其深遠。后人在評價錢謙益時的爭議，主要在其降清、仕清，認為他的茍且求生跟劉宗周等以身殉國的名臣大儒相比有云泥之別。

當然也有學者認為，入清后錢謙益其實是不合作的。比如順治三年（1646年），他即稱病歸鄉(xiāng)。兩年后他被黃毓祺反清案牽連入獄。出獄后他又與黃宗羲、李定國、鄭成功等暗通款曲，甚至還有他曾私下策反降清武將、資助鄭成功的說法。這些事情是否屬實，其實并無定論。但多年以后，從乾隆帝下詔編撰《貳臣傳》時，稱錢謙益“降附后潛肆詆毀”這種說法里，能感覺到乾隆帝的憤怒與痛恨主要是針對錢謙益的態(tài)度與詩文的反動，因此不但將其列入為降清失節(jié)者立傳的《貳臣錄》，還下令刪禁其著作。

亡國之痛，對于錢謙益這樣有政治理想的文人而言當然是深重的。但給他的精神上帶來更徹底的毀滅性打擊的，則是順治七年（1650年）初冬之夜，其居住兼藏書的絳云樓毀于火災。據(jù)其撰寫的《絳云樓書目》記載，各類書籍共計3300余種。其中宋版、元版的珍本善本，從其《絳云樓題跋》中可知即有265種。比如珍貴無比的宋版《漢書》和《后漢書》，據(jù)說當初王世貞是賣了一座莊園才換得的，而錢謙益則是花了1200多兩黃金才購得。據(jù)錢謙益回憶，火災當時，四鄰都來幫助救火，其中不乏趁火打劫者，因此被焚毀的書雖多，但被順走的書也不在少數(shù)。更令錢謙益痛苦的，是后來有些珍本流入了市場，購得者攜書拜訪他，出資請他鑒定，而當時受困于生計的他又不得不接受這個殘忍的活兒，此中痛苦已無法用言語表達。

近年來研究錢謙益的著作里，以香港中文大學教授嚴志雄的《牧齋初論集》為著名。其對錢謙益生平的研究梳理之深入，對時世人文的關系分析之清晰精到，都令人印象深刻。但是，他對于錢謙益心理動機的著意處卻有些偏頗。嚴教授如能用心讀過錢謙益的《列朝詩集小傳》，其思路應不至于陷入臆測誅心的俗套。這部代表錢謙益詩學最高成就的杰作，涉及雖廣卻用筆繁簡有致，尤其是在歸類詩人上的用意深遠——比如將徐渭、公安三袁、湯顯祖歸于同類，并濃墨重筆評述；其對竟陵派以詭怪為新的激烈而準確的批判則更是振聾發(fā)聵，即使在今天看來也仍不過時。在某種程度上，嚴教授把錢謙益簡單化了。至少，他沒能真正意識到錢謙益內心的痛苦。